La creación de Álvarez de Lugo se enmarca en un periodo de cambios de paradigmas entre las manifestaciones barrocas de los últimos maestros barrocos que se repiten sin fuerza expresiva y la antesala del neoclasicismo, reflejado en una intelectualización de las formas áureas. A este conflicto estético, se añade la fluctuación de su obra entre lo popular y lo fútil y la erudición, lo que convierte a esta segunda faceta de su obra la más estudiada por su adscripción a los patrones barrocos cultivados en la Península. Por esa razón, su escritura atiende, por una parte, a la vida (con especial miramiento a la cotidianeidad o bien a la alabanza de los amigos, los personajes célebres o las virtudes que se han de cultivar) y, por otra, a la reflexión, en que el autor despliega sus conocimientos de moral o de crítica literaria. Los temas fluctúan incluso dentro del marco de una misma obra: banalidad, comicidad, moral. Utiliza tanto la prosa como la poesía, e incluso conviven ambas expresiones. Las estrofas más empleadas en su creación son décimas, sonetos, quintillas, romances y redondillas, en donde se observa una predilección por el verso de arte menor debido a su asociación a lo popular y al verso tradicionalmente castellano, el octosílabo, por lo que
demuestra una visión gozosa de la vida menos perceptible en su prosa erudita. Destacan sus retruécanos, conceptos, dialogías y paralelismos reiterativos, que entran en conexión con la estética barroca.
Su primera obra publicada es Vigilias del Sueño (Madrid, 1664), obra en prosa y en verso estructurada en dos secciones: la primera relacionada con aspectos graves y humorísticos y la segunda con composiciones a lo divino. Su segunda obra impresa, Convalecencias del alma (Madrid, 1689), se trata de un tratado moral en prosa, con algunas composiciones poéticas, dirigido a Valeriano, un joven confundido al que intenta educar a través de exempla y reflexiones sobre las potencias positivas (humildad, castidad, gracia, paciencia, abstinencia, caridad o diligencia) frente a las negativas (soberbia, avaricia, ira, gula, envidia y pereza), articuladas en torno a los pecados capitales. En esta obra se constata la influencia vital y literaria de su amigo Salvador Jacinto Polo de Medina, escritor murciano de El gobierno moral a Lelio (1657). Hasta aquí estaría el corpus de obras impresas al que se ha de sumar Fábula de Atlanta e Hipomenes y La lanza de Aquiles, de las que no se tiene noticia y al parecer fueron publicadas.
En la Biblioteca “Cervantes” de la Cosmológica de Santa Cruz de La Palma se encontraron tres manuscritos de trascendental importancia para entender mejor la aportación literaria de Álvarez de Lugo: el tratado de retórica Los eslabones más fuertes de las Cadenas de Alcides, el elogio inacabado a Polo de Medina, Apología soñada contra un juicio dormido; e Ilustración al Sueño de la décima Musa Mexicana. Destacamos especialmente esta última pieza, editada por Andrés
Sánchez Robayna, debido a su significación literaria: se trata del primer comento del poema extenso “Primero Sueño” de Sor Juana Inés de la Cruz, una de las cumbres literarias del Barroco hispánico. Esta obra de Álvarez de Lugo se conserva inconclusa y se comentan los 233 versos iniciales desde la consciencia de la complejidad temática y compositiva del poema de la poeta mexicana. Llama la atención esta elección, que de acuerdo con la justificación del poeta palmero se debe a las censuras que se hicieron del poema, porque concuerda con el tema del sueño propio del Barroco y de su propia producción (como Vigilias del Sueño y Apología del sueño). Además, entra en una vasta tradición de comentaristas literarios, como El Brocenses y Herrera, y en especial en conexión con los comentarios de Salcedo Coronel, quien se preocupó por el comento de las piezas gongorinas en El Polifemo comentada y Las Obras de Góngora comentadas. Como ha demostrado Andrés
Sánchez Robayna, Álvarez de Lugo se preocupa por el sueño como un estadio del conocimiento que se frustra en una vida soñada y no vivida y se convierte así en un texto de interés crítico para entender la obra de Sor Juana y para entender el pensamiento barroco que traza la obra y vida del escritor áureo.
La obra de Álvarez de Lugo se vuelve fundamental para entender el Barroco canario y las personalidades que integran el Grupo de La Palma, que oscilan entre la erudición y la comicidad. Además, se ha convertido en el representante de la prosa erudita en las Islas en la Edad de Oro, junto a Fray Andrés de Abreu, con la aportación significativa a la crítica literaria de su comento a sor Juana.