Clavijo y Fajardo fue estimado traductor y excelente autor de artículos de crítica social; pero lo más representativo de su obra es la publicación de periódico ilustrado semanal El Pensador cuyos números se estructuraron en seis volúmenes entre 1762-63 y, tras un silencio, en 1767.
El Pensador se estructura en “Pensamientos”: 13 corresponden al tomo I, 14 a los tomos II y III, 10 al tomo IV, 19 al tomo V y 15 al tomo VI. En semejanza con The Spectator inglés, Clavijo organizó sus Pensamientos de manera variada y flexible añadiéndoles el atractivo personal de la amenidad que consigue su atractiva y cercana prosa.
En la estructuración de los contenidos, fluctúa entre dedicar a una cuestión concreta varios Pensamientos consecutivos, y -las más de las veces- apuntar un tema en uno o dos ensayitos abandonándolo luego. En los temas clave, vuelve -pensamientos adelante- a una cuestión previamente apuntada, y es extraño que quiebre el curso de un asunto para dar noticia de una carta “recién recibida”. Fluctúa también Clavijo en el modo de exposición de los temas: bien entra en cuestión directamente a partir de una reflexión propia, bien se vale de supuestas sugerencias de lectores en forma de cartas (que se transcriben), o en forma de “mensajes” de esos mismos lectores (que se comentan y se desarrollan), o bien acude a una autoridad reconocida para, desde una opinión o comentario, abordar cuestiones concretas.
El objeto indiscutible de la publicación del El Pensador -se repite insistentemente- es la utilidad, concepto muy del día que concreta Clavijo en el afán de cooperar en la educación moral y artística de los ciudadanos. Como no podía dejar de ocurrir en su mente de estructuración clásica y metódica, el Pensamiento I deja claros ante el lector el porqué y el cómo de la publicación: su motivo, su objeto, su finalidad, su método y los detalles colaterales del tiempo y el lugar de publicación. Así, en la Introducción, que llena el Pensamiento I (“que servirá de Prólogo”, indica el propio autor) queda explícito que el objeto del El Pensador es mostrar utilidad para “mejorar a los hombres” del hoy y del mañana desde la experiencia y la observación del prójimo; que la complicación de la tarea imponen como vía metodológica la variedad; y que “el papel” estará a disposición de los lectores los lunes en la libreros Orcel de la calle de la Montera. Quedan explícito igualmente los porqués genéticos del texto: la satisfacción personal del afán por manifestar las ideas que en el cerebro bullen respecto a “la menor cosilla en orden a las costumbres, a la política, al idioma, o a cualquiera de aquellas, que miran a la sociedad, a la vida, a las Artes, a las Ciencias”; el deseo de aprovechar el tiempo propio criticando, “sin genio satírico, sin maligno humor, sin rencor y sin venganza”, al “tipo humano” que se esconde tras los nombres (“Clelia, Celio, Tiresias o Aristipo”) de quienes aparecerán en distintos momentos del texto para ejemplificar defectos y virtudes. Aparte de los lemas de satíricos latinos que figuran en las portadas de los distintos tomos, abundan en la sucesión de los Pensamientos las referencias a autoridades (Pitágoras, Catón, Juvenal, Plinio, Cicerón, El Pinciano, Riccobini, etc.), bien citándolos al hilo de una idea, bien reproduciendo directa o indirectamente porciones de sus textos con un alto sentido del reconocimiento de la autoridad, principio clásico por excelencia que aconsejaba -casi imponía- seguir de cerca a los maestros imitándolos con rigor textual, aunque “la experiencia hará ver, que el Pensador no convierte en mérito propio el trabajo ajeno” (I, I). En el conjunto de los Pensamientos y como buen Ilustrado, Clavijo se perfila como un luchador incansable frente a los viejos tópicos sociales y artísticos de su tiempo: la educación, las costumbres, los entretenimientos, el teatro, etc. Destacó como combatidor decidido de los Autos Sacramentales, a la desaparición y condena de ellos contribuyó: lo que le costó ser acusado de anticlerical.
Don José Clavijo y Fajardo, nacido y formado en uno de los lugares más alejados de la cultura de su tiempo, va a ser un de los hombres clave más representativos de España dentro de las corrientes de la Ilustración europea. Coincidió en la Corte con otros importantes ilustrados canarios: los Iriarte (don Juan, don Bernardo, don Domingo y don Tomás), y también con Viera y Clavijo, en los años más que fructíferos de la etapa nacional e internacional del futuro arcediano de Fuerventura. Correspondió precisamente a Viera anotar los primeros datos sobre la obra, la vida y la significación de José Clavijo en la relación de Canarios Ilustres con que completó el texto de su Historia general de las Islas Canarias.