Juan José Bacallado Aránega nació en La Laguna (Tenerife) el 11 de abril de 1939. Estudió el bachillerato entre los colegios La Salle de La Laguna y Santa Cruz, acabando los cursos más avanzados entre las Escuelas Pías de Santa Cruz y el Instituto Viera y Clavijo de La Laguna.
Realiza el curso Selectivo en la Universidad de La Laguna, para luego marchar a Madrid en cuya Universidad Complutense cursa los estudios de Ciencias Biológicas, habiendo conseguido la Licenciatura el 21 de octubre de 1967. Leyó la Tesis Doctoral el 20 de febrero de 1973 en la Universidad de La Laguna, obteniendo la calificación de Sobresaliente cum laude.
Desde el curso 1967-68 entra a formar parte, como docente, de la enseñanzas de Zoología de la Facultad de Ciencias de la Universidad de La Laguna en los más diversos puestos y responsabilidades: Ayudante de Clases Prácticas, Encargado de Curso, Profesor Adjunto por concurso-oposición, Profesor Agregado y Profesor Titular en 1983.
Dirige 18 Tesinas de Licenciatura y nueve Tesis Doctorales , todas ellas con la máxima calificación. En 1984 es nombrado Director del Museo de Ciencias Naturales de Santa Cruz de Tenerife, cargo en el que permanece hasta su jubilación en 2006. Ha publicado unos 160 trabajos en revistas nacionales e internacionales, así como una treintena de libros bien solo o en colaboración.
De gran impacto han sido los proyectos de investigación dirigidos, con la creación de grandes equipos de biología marina y terrestre, abordando estudios de biodiversidad, biología, ecología biogeografía y poblamiento insular de la Macaronesia. Otro trabajo emblemático que dio la vuelta al mundo fue el denominado Proyecto Galápagos, que culminó en 1992 con la publicación de resultados científicos en una revista creada al efecto y un libro de alta divulgación: Galápagos: volcán, mar y vida en evolución.
Es Académico Numerario de la Real Academia Canaria de Ciencias, cuya revista científica dirige; asimismo ha sido Director de la revista científica Vieraea desde 1990 hasta 2013. Ha sido Miembro de Número de la Real Sociedad Española de Historia Natural durante más de 40 años, por lo que se le ha concedido Diploma Honorífico. Es Miembro de Número del Instituto de Estudios Canarios. Premio Canarias colectivo y Medalla de Oro de Canarias por su pertenencia al grupo folclórico Los Sabandeños, del que fue miembro fundador.